Toyota C-HR un citu japāņu zīmola automobiļu standarta aprīkojumā ir iekļauta Toyota Safety Sense, kas palīdz vadītājam izvairīties no nelaimes gadījumiem vai ļauj minimizēt sadursmes sekas. Šī drošības aprīkojuma sistēma ietver sadursmes novēršanas sistēmu (PCS) ar gājēju noteikšanas funkciju, adaptīvo kruīza kontroli (ACC) un brīdinājumu par izbraukšanu no joslas (LDA), kā arī automātisko tālo gaismu funkciju un ceļa zīmju atpazīšanas palīgsistēmu.
C-HR sadursmes novēršanas sistēma saņēma maksimālo novērtējumu EURO NCAP drošības testos nelielā ātrumā, jo palīdzēja izvairīties no sadursmes. Arī braucot šosejas ātrumā, Toyota Safety Sense uzrādīja labu sniegumu. Proti, tuvojoties lēnāk braucošam automobilim, automobilis izvairījās no sadursmes visos pārbaudītajos ātrumos. Savukārt, tuvojoties stāvošam automobilim vai automobilim, kas samazina ātrumu, sadursme tika novērsta lielākajā daļā gadījumu, bet pārējos – tās sekas tika ievērojami samazinātas.
Arī drošības sistēmas gājēju noteikšanas funkcija saņēmusi augstu novērtējumu – sadursme ar gājēju nenotika nevienā testā zemos ātrumos, savukārt lielos ātrumos no sadursmes izdevies izvairīties vai trieciens ievērojami samazināts.