Kā ziņots, LU Satversmes sapulces sēdē augstskolas rektora amatā tika ievēlēts līdzšinējais rektors Muižnieks, kurš balsojumā pārspēja LU Biznesa, vadības un ekonomikas fakultātes dekānu un profesoru Gundaru Bērziņu.
Tomēr balsojumu pavadīja skandāli un pretrunīgi vērtējumi. Vispirms 24.maijā kārtējā LU Satversmes sapulcē Muižnieks savāca 141 balsi, bet 143 nobalsoja pret viņu. Savukārt par otru kandidātu - Bērziņu - balsoja 128 dalībnieki, bet pret - 156 dalībnieki.
Šādos apstākļos vispirms no tribīnes tika paziņots, ka nav ievēlēts neviens no kandidātiem, savukārt vēlāk tika apgalvots, ka Muižnieks tomēr ir pārvēlēts rektora amatā, jo svarīgākais esot tas, ka viņam ir vairāk balsu nekā otram pretendentam, nevis tas, ka pret viņu ir vairāk balsu nekā par.
Vēlēšanu neviennozīmīgais rezultāts oponentos raisīja neapmierinātību, līdz tika sasaukta LU Satversmes sapulces ārkārtas sēde, lai sarīkotu rektora vēlēšanu otro kārtu, kurā delegāti balsoja vairs tikai par vienu kandidātu - vēlēšanu pirmajā kārtā visvairāk balsu ieguvušo Muižnieku. Par Muižnieka ievēlēšanu nobalsoja 132 delegāti, pret - 112 delegāti, savukārt vēl deviņas balsošanas zīmes atzītas par nederīgām, līdz ar to Muižnieks tika izziņots par ievēlētu.
Šuplinska pēc LU rektora vēlēšanām nesteidza valdībā virzīt rīkojuma projektu par Muižnieka apstiprināšanu LU rektora amatā, tā vietā IKVD sāka pārbaudi par rektora vēlēšanu kārtības atbilstību normatīvo aktu prasībām.
IKVD veica pārbaudi par LU rektora vēlēšanu atbilstību normatīvajiem aktiem un pārbaudē tika konstatēti vairāki pārkāpumi. Pēc tam Šuplinska sacīja, ka viņas rekomendācija būs neapstiprināt Muižnieku LU rektora amatā, bet gala lēmuma pieņemšana tiks atstāta valdības ziņā, kurai tikšot nodots IKVD atzinumus par konstatētajiem pārkāpumiem.