Vēlāk gan valdība nolēma pārsūdzēt minēto tiesas nolēmumu. Attiecīgi Administratīvā apgabaltiesa saglabāja pirmās instances noteikto liegumu rīkot jaunas LU rektora vēlēšanas, tomēr atzina, ka valdībai ir tiesības noteikt rektora vietas izpildītāju, līdz ar to valdībai tika dota iespēja nomainīt pašreizējo rektora vietas izpildītāju Muižnieku. Ar 1.decembri par rektora vietas izpildītāju iecelts Straube.
Arī LU ir nosūtījusi Ministru prezidentam mierizlīguma piedāvājumu Muižnieka lietā, prasot atzīt rektora vēlēšanu rezultātus un apstiprināt Muižnieku rektora amatā.
Tiesā patlaban aktuāla ir tikai lieta pēc Muižnieka kā fiziskas personas pieteikuma, apstrīdot viņam nelabvēlīgo valdības lēmumu. Atbilstoši Administratīvas apgabaltiesas sniegtajai informācijai, šajā lietā LU ir atbildētājas statusā.
LU prorektore Ina Druviete stāstīja, ka universitātes izstrādātajā mierizlīguma piedāvājumā norādīts - ja valdība atzīs rīkojumu par Muižnieka neapstiprināšanu kā spēku zaudējušu un apstiprinās viņu rektora amatā, tad universitāte, kā arī pats Muižnieks atsauks savus pieteikumus tiesā.
Tāpat mierizlīguma piedāvājums paredz, ka universitāte un Muižnieks apņemas atteikties no tiesībām saņemt mantiskā zaudējuma, personiskā zaudējuma, kā arī morālā kaitējuma atlīdzinājumu, sacīja Druviete.
Prorektore uzsvēra, ka tādā veidā tiktu atrisināta radusies situācija un iestātos stabilitāte, kas veicinātu augstākās izglītības kvalitāti. Druviete pauda cerību, ka valdība būs atsaucīga un iesaistītās puses sapratīs, ka gadiem ilga tiesvedība nav nevienas puses interesēs un, viņasprāt, ir beidzamais laiks atgriezties pie stabilitātes un savstarpējās sadarbības. Arī LU advokāts uzskata, ka visiem labākais situācijas risinājums ir mierizlīgums.