Taču visnozīmīgākā bija īpašā prokurora Millera izmeklēšana, kas vainagojās ar apsūdzību izvirzīšanu.
"Krievijas valdība plaši un sistemātiski iejaucās 2016.gada prezidenta vēlēšanās," teikts izmeklēšanas gala ziņojumā.
Millera izmeklēšanas ietvaros tika izvirzītas apsūdzības 13 Krievijas pilsoņiem - Prigožinam un 12 GRU virsniekiem, kuri tika identificēti kā par "Fancy Bear" iesauktā grupējuma hakeri, kuri nozaga un nopludināja demokrātu partijas e-pastus.
Millera izmeklēšana arī pievērsās jautājumam, vai Trampa priekšvēlēšanu kampaņa sadarbojusies ar Krieviju. "2016.gada jūlija beigās, neilgi pēc tam, kad "WikiLeaks" publicēja pirmo dokumentu daļu, kāda ārvalstu valdība ar FIB sazinājās par 2016.gada maijā notikušu sarunu ar Trampa kampaņas ārpolitikas padomnieku Džordžu Papadopulosu. Papadopuloss šīs ārvalstu valdības pārstāvim bija licis noprast, ka Trampa kampaņa no Krievijas valdības saņēmusi signālus, ka tā varētu palīdzēt kampaņai, anonīmi publicējot informāciju, kas kaitētu demokrātu prezidenta amata kandidātei Hilarijai Klintonei," atstāstīts Millera izmeklēšanas ziņojumā. Tas bija iemesls, kāpēc izmeklēšana vispār tika sākta.
Millers izvirzīja apsūdzības vairākiem Trampa kampaņas darbiniekiem vai pietuvinātajām personām, taču tās tika izvirzītas par likumpārkāpumiem (melošanu ASV valdības iestādēm, krāpšanos ar nodokļiem, kampaņas finansēšanas noteikumu pārkāpumiem), kas nebija tieši saistīti ar sadarbību ar Krieviju.
Priekšvēlēšanu laikā - 2016.gada jūnijā - Trampa dēls Donalds Tramps jaunākais un citi kampaņas darbinieki "Trampa tornī" Ņujorkā tikās ar Kremlim pietuvināto Krievijas juristi Natāliju Veseļņicku, kurai, kā tika uzskatīts, varētu būt kompromitējoša informācija par Klintoni. Millers nolēma par šo gadījumu nevirzīt apsūdzības, daļēji tāpēc, ka būtu teju neiespējami pierādīt, ka tikšanās dalībnieki apzinājās savas rīcības iespējamo nelikumību. Vēlāk Veseļņickai tika izvirzītas apsūdzības par pierādījumu safabricēšanu citā lietā - par naudas atmazgāšanu 2013.gadā, kas saistīta ar jurista Sergeja Magņitska atmaskoto krāpšanas shēmu.