Viens no nežēlīgākajiem nacistu genocīda mehānismiem bija “iznīcināšana ar darbu” (Vernichtung durch Arbeit), kas paredzēja koncentrācijas ieslodzīto masveida iznīcināšanu, nostrādinot tos līdz nāvei Trešā reiha labā. Mathauzenes koncentrācijas nometne šajā ziņā bija viena no drausmīgākajām vietām, kur nokļūt.
Nometne ierindojās 3. pakāpes kategorijā. Tādās nometnēs ievietoja par nepārmācāmiem uzskatītus ieslodzītos, kas nav vēlami sabiedrībai. Mathauzenes nometne bija viena no nacistu nežēlīgākajām un šausminošākajām iznīcināšanas nometnēm. Ieslodzītie tur bija pakļauti brutālām pārmācības metodēm. Tie, kuri nepakļāvās, tika uzdzīti virsū elektriskajam žogam vai saņēma benzīna injekciju.
Savukārt masveidā iznīcināšana norisinājās gāzes kambaros un mobilajās gāzes mašīnās. Tomēr visšaušalīgākā bija garīgā spīdzināšana un smagais darbs – īpaši granīta raktuvēs, kur ieslodzītie bija spiesti pārvietoties garās rindās, veidojot “nāves kāpnes”. Tie bija 186 stāvi, granītā izcirsti pakāpieni, pa kuriem ieslodzītajiem uz muguras bija jāstiepj milzīgi granīta bluķi. Tas bez atpūtas bija jādara vairākas reizes dienā, brīžiem saņemot sitienu vai biežos gadījumos – lodi.