Latvijas Universitāte 2019.gadā, kad notika cīņas par Muižnieka apstiprināšanu rektora amatā, ar četriem darbiniekiem noslēdza vienošanos par profesionālās darbības ierobežojumu uz diviem gadiem. Kad rektors pēc tiesas lēmuma tika apstiprināts amatā, LU ar diviem no šiem darbiniekiem atkārtoti uzsāka darba tiesiskās attiecības. Kā atzīmēja VK, līdz pat revīzijas noslēgumam LU netika rīkojusies, lai atgūtu finanšu līdzekļus par laika periodu, kad profesionālās darbības ierobežojumam vairs nebija pamata.
Saskaņā ar VK revīzijā konstatēto, LU diviem darbiniekiem, ar kuriem noslēgtas vienošanās par divu gadu profesionālās darbības ierobežojumu, nepamatoti izmaksāti 19 474 eiro.
VK par šiem secinājumiem vērsās ar iesniegumu Ģenerālprokuratūrā, kura to pārsūtīja KNAB.
Pēc prokuratūras paziņojuma izglītības ministre Anita Muižniece (K) vērsās pie LU Padomes, Senāta un Satversmes sapulces ar lūgumu izvērtēt Muižnieka atbilstību amatam saistībā ar prokuratūras uzrādīto apsūdzību. Ministre uzsvēra nepieciešamību rīkoties operatīvi, lai mazinātu kaitējumu universitātei un visai Latvijas augstākās izglītības un zinātnes sistēmai.
Augstskolu likums nosaka, ka rektors ir persona ar nevainojamu reputāciju. LU rektora Muižnieka reputācija, pēc ministres domām, ir būtiski apdraudēta.
Savukārt Muižnieks ir pārliecināts, ka darbojies likumīgi un LU interesēs. Muižnieka aģentūrai LETA pauda nostāju, ka viņa rīcība 2019.gada augustā, ar vairākiem darbiniekiem pārtraucot darba attiecības un slēdzot vienošanos par konfidencialitāti, kā rezultātā viņiem tika izmaksāta kompensācija, bija likumīga un augstskolas interesēs. Par to, kā apgalvo Muižnieks, liecinot 2020.gada janvāra KNAB lēmums atzīt izmaksāto naudu par likumīgu, kā arī VK padomes 2021.gada aprīļa un 2022.gada maija lēmumi.
LU iekšējā sarakstē par Muižnieces izteikto aicinājumu rektors atsaucies uz nevainīguma prezumpciju, kuras kontekstā publisko iestāžu pienākums "būtu atturēties no paziņojumiem, rīcības, utt., kas var radīt priekšstatu par personas vainīgumu, pirms tas konstatēts likumā noteiktā kārtībā".
"Papildus informēju, ka, izsniedzot apsūdzības rakstu, procesu virzošā prokurore norādīja, ka lieta ierosināta par juridiskās interpretācijas detaļām, no kurām būtiskākā ir jautājums par kompensācijas sākotnējo grāmatojumu finanšu uzskaites dokumentos. Par to man kā iestādes vadītājam būtu jāatbild, tāpat kā par nenotīrīto sniegu no Raiņa bulvāra ēkas jumta ziemā. Prokuratūra nav uzlikusi man nekādus ierobežojumus turpināt pildīt LU rektora amata pienākumus," kolēģus informējis Muižnieks.