Jānis Škapars 1953. gadā absolvēja Tukuma vidusskolu. 1953. gadā - Latvijas Valsts universitātes Juridisko fakultāti, bet no 1953. līdz 1969. gadam darbojās Latvijas komjaunatnes organizāciju vadības struktūrās.
Škapars bija viens no Augstākās Padomes deputātiem, kas 1990. gada 4. maijā nobalsoja par Latvijas Republikas neatkarības atjaunošanu.
Padomju režīma laikā viņš ilgus gadus bijis laikraksta "Literatūra un Māksla" redaktors.
1988.gadā viņš vadīja darba grupu, kas izstrādāja Latvijas Tautas frontes pirmo programmu. 1990. gadā Škaparu ievēlēja par Latvijas Republikas Augstākās Padomes (LR AP) deputātu, viņš vadīja Tautas pašvaldības un sabiedrisko lietu komisiju un bija LR AP Prezidija loceklis. Vēlāk arī 7. un 8. Saeimas deputāts.
Jānis Škapars ir apbalvots ar IV un III šķiras Triju Zvaigžņu ordeni, bet 1980. gadā bija ieguvis titulu Latvijas PSR Nopelniem bagātais mākslas darbinieks.
Video: Jānis Škapars Latvijas radio 1 raidījumā "Laikmetu krustpunktā" š.g. 28. oktobrī